Spostandoci verso il centro della piazza, possiamo affacciarci alla balaustra che ci consente di intravedere un altro tesoro nascosto: la Chiesa di Santo Spirito. È una chiesa di origine benedettina che passò successivamente ai Cavalieri Giovanniti, i Cavalieri di Malta. Questa chiesa ipogea subì un ampliamento tra il XVI e XVII secolo, oltre alla costruzione dell’elegante campanile voluto dal Commendatore Fra Silvio Zurla nel 1680 quale simbolo dell’importanza dell’ordine nel tessuto sociale della città. 

A seguito della miracolosa apparizione dell’immagine della Madonna all’interno della chiesa, fu modificato l’orientamento dello spazio liturgico e sostituito il titolo di Santo Spirito con quello di Mater Domini. Con la costruzione del Monastero dell’Annunziata nel 1747 e di alcuni palazzi privati, si rese necessario il trasferimento della chiesa al livello superiore del nuovo spazio pubblico, cosa che fu fatta riedificandola a fianco del campanile.
La Chiesa di Santo Spirito presenta entrambe le tecniche costruttive in uso a Matera: la parte posteriore era scavata, quella anteriore era invece costruita. Come è successo per molte altre chiese rupestri della città, anche per Santo Spirito, una volta abbandonato l’utilizzo sacrale, gli ambienti scavati sono stati man mano occupati dagli abitanti della città. Infatti, se l’ambiente a tre navate con i pilastri di tufo sono espressione di un uso religioso, le trasformazioni spaziali e la perdita quasi totale degli affreschi presenti sulle pareti, testimoniano l’uso civile che questo spazio ha avuto fino agli inizi del ‘900, quando la facciata seicentesca e l’adiacente navata furono demolite e lo spazio in cui insistevano fu riempito e appianato. ..ma i segreti non sono finiti.
Un’inaspettata torre aragonese è stata scoperta durante i recenti lavori di sistemazione della piazza ed era parte integrante del progetto di perimetrazione muraria di difesa pensato dal Conte Tramontano.